Das BVerfG hat die VfB ohne weitere Begründung angenommen, jedoch eine Grundrechtsverletzung verneint. Grenzen der Wissenschaftsfreiheit ergäben sich für Theologieprofessoren "aus der Eigenart der theologischen Fakultäten", zu der das "Selbstbestimmungsrecht" der RG gehöre. Grundsätzlich sind die Ausführungen zu der rechtspolitisch bedeutsamen These, das GG erlaube "die Lehre der Theologie als Wissenschaft an staatlichen Hochschulen". Ein Ergebnis ist für das BVerfG klar: Weder garantiere das GG theologische Fakultäten, noch verbiete es sie. [Nicht erörtert wurde die allgemeine Frage ihrer Zulässigkeit.]
Im Gegensatz zu Art. 149 III WRV, der nicht in das GG übernommen wurde, ergibt sich laut BVerfG aus dem GG keine Regelung zu theologischen Fakultäten, für die aber schon vor Inkrafttreten des GG in mehreren Landesverfassungen eine Bestandsgarantie existierte. Aus dem Schweigen des GG könne daher kein radikaler Bruch mit der Universitätstradition abgeleitet werden. Das BVerfG berief sich zusätzlich auf das Reichskonkordat und Art. 7 III GG. Demnach darf nach BVerfG auch an den Universitäten bekenntnisgebundene Religion gelehrt werden mit entsprechender Lehrerausbildung. Die Zulässigkeit staatlicher Universitätstheologie ergebe sich somit aus der Pflicht der Länder, Bildung und Wissenschaft zu organisieren. Die Länder hätten "das Recht, ihr Verständnis von Wissenschaft und Bildung in einer Weise zu bestimmen, dass die glaubensgebundene Theologie entsprechend den deutschen universitären Traditionen dazu gehört". Zudem seien die theologischen Fakultäten "auch ein Angebot des Staates an die Religionsgemeinschaften, ihren Nachwuchs nicht in eigenen Institutionen, sondern zusammen mit anderen Studierenden an öffentlichen Einrichtungen ausbilden zu lassen". Zur Erläuterung folgt der Hinweis, im Interesse der Religionsfreiheit dürfe es "keine auch nur indirekte Kontrolle der Geistlichkeit durch den Staat geben". Es folgt der Satz: "Einem gleichwohl vorhandenen legitimen kulturpolitischen Interesse des Staates, theologische Ausbildungen in universitärer Freiheit und auf einem universitären wissenschaftlichen Qualifikationsniveau stattfinden zu lassen, stehen keine grundsätzlichen verfassungsrechtlichen Hindernisse entgegen."
Die Einrichtung entsprechender Fakultäten für "bekenntnisgebundene Glaubenswissenschaft" bedingt auch nach BVerfG zwangsläufig Mitwirkungsrechte der RG. Es gehört daher zum Grundrecht der theologischen Fakultäten aus Art. 5 Abs. 3 GG, die Bekenntnismäßigkeit der in ihrem Bereich vertretenen konfessionellen Lehre zu wahren. Zur Wahrung des "Selbstbestimmungsrechts" der Kirchen führt das BVerfG u.a. aus: "Nach dem Loccumer Vertrag zwischen den Evangelischen Landeskirchen und dem Land Niedersachsen beschränkt sich die Mitwirkung der Kirchen auf eine Begutachtung im Berufungsverfahren. Das schließt jedoch weder die Pflicht des Staates aus, an seinen staatlichen theologischen Hochschulen das Selbstbestimmungsrecht der Kirchen über die Bekenntnismäßigkeit der Lehre ihrer Theologie zu achten, noch das Recht der Kirche, beim Staat auf Abhilfe zu dringen, wenn sie diese Bekenntnismäßigkeit als verletzt ansieht." Der Bf. habe selbst den traditionell gesteckten weiten Rahmen evangelischer Theologie verlassen, indem er zentrale christliche Glaubenswahrheiten abgelehnt und sich kämpferisch mit dem Christentum auseinandergesetzt habe. Damit sei die Funktionsfähigkeit der Fakultät massiv betroffen. Wie in einem "weniger evidenten Fall", insbesondere bei unterschiedlicher Einschätzung von Kirche und Fakultät, abzuwägen wäre, brauchte nicht untersucht zu werden. Im Einzelnen wurde ausgeführt, warum dem Bf. die Umsetzung zuzumuten sei.