Das Gericht prüfte zunächst die Gültigkeit des RK, weil sie Voraussetzung für einen Verfassungsverstoß des Landes sei. Das RK sei als Bestandteil einer revolutionär gesetzten Kompetenzordnung gültig zustande gekommen. Es sei in ein Reichsgesetz transformiert worden. Das RK habe 1945 seine Geltung nicht verloren, da die Vertragspartner eine Dauerregelung gewollt hätten. Das Deutsche Reich bestehe, vorläufig beschränkt auf das Bundesgebiet, fort (BVerfGE 3, 319 f.). Abgesehen von gegenüber dem Gesamtinhalt des Vertrags an Bedeutung zurücktretenden Anpassungen an die Lage im Deutschen Reich sei der Inhalt des Reichskonkordats nicht von der Art, dass seine Fortgeltung über die Zeit der nationalsozialistischen Gewaltherrschaft hinaus in Frage gestellt werden könnte. Das RK bleibe also auch nach dem Zusammenbruch in Geltung.
Die Errichtung von Bekenntnisschulen kann nach BVerfG "unter Umständen dazu führen, dass in einem Ort nur eine Volksschule besteht, während die Wünsche der Erziehungsberechtigten hinsichtlich der Art der Schule auseinandergehen (Gemeinschaftsschule, evangelische Bekenntnisschule, katholische Bekenntnisschule, Weltanschauungsschule). Das bedeutet, dass die jeweiligen Minderheiten zur Vermeidung unzumutbarer Schulwege unter solchen Umständen auf die von ihnen gewünschte Schulart verzichten und ihr Kind in einer nicht ihren Wünschen entsprechenden Volksschule erziehen und unterrichten lassen müssen. Hierin kann aber eine Beeinträchtigung der Gewissensfreiheit nicht erblickt werden. Es ist nicht möglich, allen Eltern eine ihren Wünschen entsprechende Schulart zur Verfügung zu stellen. Es ist unvermeidlich, dass Eltern unter Umständen genötigt sind, ihre Kinder einer Schule anzuvertrauen, die in ihrer weltanschaulichen Gestaltung den Wünschen der Eltern nicht entspricht. Es kann daher nicht gesagt werden, dass unter Berücksichtigung des staatlichen Schulzwangs und der tatsächlich gegebenen Beschränkung der Zahl verschiedenartiger weltanschaulicher Gestaltungen der Schule die Schulbestimmungen des Reichskonkordats in die Gewissensfreiheit unzulässig eingreifen."
Das Gericht setzt sich besonders eingehend mit der Bedeutung des Art. 123 II GG auseinander. Aus diesem Artikel lasse sich eine verfassungsrechtliche Pflicht der Länder dem Bund gegenüber, die Schulbestimmungen des Reichskonkordats zu beachten, nicht herleiten. Der Bund habe keine Gesetzgebungskompetenz. Art. 123 II regele nur die Fortgeltung der betreffenden Vorschriften schlechthin, nicht aber ihre Fortgeltung als Bundesrecht. Der nunmehr zuständige Landesgesetzgeber könne das innerstaatliche Verträge ohne weiteres ändern.
Die abschließende Bemerkung des Gerichts lautet: "Der Antrag der Bundesregierung ist unbegründet. Wenn das niedersächsische Schulgesetz gegen die Schulbestimmungen des Reichskonkordats verstoßen sollte, wäre der Bund in seinen Rechten gegenüber dem Land nicht verletzt. Damit erübrigt sich eine Nachprüfung der sachlichen Vereinbarkeit des niedersächsischen Schulgesetzes mit den Bestimmungen des Reichskonkordats. Der Antrag der Bundesregierung musste daher abgewiesen werden.